GC/MS如何定性譜庫(kù)中不存在的化合物?
在天然產(chǎn)物、香精香料、食品風(fēng)味分析、環(huán)境及車內(nèi)空氣分析等領(lǐng)域中,GC/MS是定性分析其中揮發(fā)性物質(zhì)的最常用、且最方便手段。在NIST、Wiley等數(shù)據(jù)庫(kù)的幫助下,我們可以輕松對(duì)GC/MS采集的未知物譜圖進(jìn)行搜庫(kù),以確定可能的疑似物,然后再通過標(biāo)準(zhǔn)品對(duì)照來最終定性。但如果質(zhì)譜譜庫(kù)或數(shù)據(jù)庫(kù)本身沒有收錄的化合物,那要怎么來定性確定呢?
在上一期的文章“質(zhì)譜同位素輪廓分布信息幫助確定化合物的分子式”中,我們提到了四極桿質(zhì)譜上直接測(cè)定精確分子量和分子式,本期的內(nèi)容將介紹在GC/MS上利用MassWorks軟件對(duì)未知化合物的分子離子和相關(guān)碎片離子的精確質(zhì)量數(shù)進(jìn)行測(cè)定,并對(duì)其進(jìn)行定性鑒別。
GC/MS上的未知物鑒定
在MS分析中涉及的碎片離子,多年來積累了豐富的知識(shí),McLafferty在權(quán)威論文中系統(tǒng)地總結(jié)了這些知識(shí)。在GC/MS分析中遇到的典型的EI碎片離子,如表1所示。NIST譜庫(kù)和搜索軟件附帶的MS Interpreter應(yīng)用程序也利用這些碎片離子的知識(shí)來進(jìn)行NIST譜庫(kù)檢索,并幫助闡述化合的結(jié)構(gòu)。
如表1所示,一些常見的碎片離子有多種可能,如28 Da可能是-C2H4、-CO、-N2中的任意一種,而29Da可能是-C2H5或-CHO等。雖然精確質(zhì)量數(shù)的測(cè)定可能有助于區(qū)分這些可能的碎片,但我們想在本文中通過一個(gè)真實(shí)的例子來證明,在全譜圖校正后,通過在MS的輪廓圖模式中觀察到的譜圖差異,能更好地區(qū)分這些碎片,而且是在圖形上更直觀地通過視覺區(qū)分,而不僅僅是單點(diǎn)精確質(zhì)量測(cè)定。此外,我們將展示來自同一分子離子(M+)的不同碎片如何在概念上和圖形上通過譜圖準(zhǔn)確度(Spectural Accuracy)的概念聯(lián)系在一起,用于結(jié)構(gòu)說明和元素組成確定。
表1:EI中常見的離子碎片
1 實(shí)驗(yàn)部分:
樣品信息:MS校準(zhǔn)調(diào)諧氣PFTBA (安捷倫GC/MSD自帶),樣品由天然產(chǎn)物制備
質(zhì)譜條件:PFTBA和樣品均在MassHunter采集軟件下以Profile模式采集,掃描速度為 2^2 (A/D samples = 4),質(zhì)量范圍為 m/z 29-600,離子閾值Treshold設(shè)置為零。MS源溫度230℃,四極桿溫度150℃。
數(shù)據(jù)分析: MassWorks? V6.0 軟件(Cerno Bioscience公司) 對(duì)MS數(shù)據(jù)進(jìn)行精確質(zhì)量和譜圖準(zhǔn)確度測(cè)定。
圖1:通過外標(biāo)法的PFTBA完成MS的精確質(zhì)量和譜圖校正
圖2:經(jīng)MassWorks校正后的樣品數(shù)據(jù)
2 結(jié)果:
鑒定可能的分子離子(M+)
對(duì)于圖2中Rt=7.4 min的未知化合物,m/z為168,其精確質(zhì)量為168.1416 Da的離子可能是分子離子(M+),它將作為本次未知物鑒定的研究對(duì)象。使用圖3所示的參數(shù)設(shè)置進(jìn)行CLIPS檢索會(huì)得到一個(gè)可能的元素組成的候選列表,如圖4所示。
排名第一的分子式(C11H20O+)和第二個(gè)分子式(C10H20N2+)的譜圖準(zhǔn)確度均超過99.0%,校準(zhǔn)的MS譜圖與理論MS譜圖之間幾乎完美匹配。第三名的分子式(C9H16N2O+)的譜圖準(zhǔn)確度僅為98.5%,在M+1附近存在明顯的譜圖誤差,更具體地說,與校準(zhǔn)的MS譜圖在M+1附近不擬合,對(duì)應(yīng)元素組成中因?yàn)樯倭藘蓚€(gè)碳原子使得M+1處的豐度較小。
排名第一的分子式到第二的分子式,碳原子數(shù)量減少了一個(gè)碳(從C11H20O+的11個(gè)C減少到C10H20N2+的10個(gè)C),M+1信號(hào)應(yīng)該有明顯的減少。但實(shí)際的結(jié)果表明,兩個(gè)氮原子以及與之相關(guān)的來自15N的M+1信號(hào)的增加在某種程度上彌補(bǔ)了少一個(gè)13C的豐度降低,而第一個(gè)分子式中存在的一個(gè)氧原子由于其缺乏自然的17O同位素因而對(duì)M+1信號(hào)沒有豐度貢獻(xiàn)。
圖3:MassWorks分析時(shí)CLIPS檢索的參數(shù)設(shè)置
圖4:按譜圖準(zhǔn)確度排序產(chǎn)生的候選分子式的CLIPS檢索結(jié)果列表(上圖),第一個(gè)候選分子式(中圖)和第三個(gè)(底圖)的校正譜圖(紅色)與理論譜圖(藍(lán)色)的疊加
43 Da 碎片丟失的鑒定
通過上述對(duì)M+ 離子的譜圖準(zhǔn)確度分析,包括各種較高豐度的同位素的分析,將可能的元素組成縮小到前2個(gè)候選分子式。
其它 EI 碎片離子的存在,包括基峰m/z 125 離子,現(xiàn)在將被用于幫助確定元素組成,并闡明其可能的結(jié)構(gòu)。利用所有可用的 EI 碎片和NIST譜庫(kù),可以輕松地執(zhí)行譜庫(kù)檢索,結(jié)果如圖 5 所示。雖然NIST檢索給出的候選結(jié)果第1名確實(shí)與圖4中CLIPS檢索的第1名具有相同的元素組成,但其檢索的匹配分值低于800,以及 m/z 125、69、55、41 和 27處的關(guān)鍵碎片上的無法匹配,這表明該化合物可能是NIST譜庫(kù)沒有收錄的該分子式的不同同分異構(gòu)體。有趣的是,NIST檢索的所有前10個(gè)候選結(jié)果都包含至少一個(gè)氧,m/z 125的碎片離子的較高豐度要么與元素組成中的包含的多個(gè)氧原子有關(guān),要么與化學(xué)結(jié)構(gòu)中OH基團(tuán)中包含的單個(gè)氧原子有關(guān),這是關(guān)于該化合物結(jié)構(gòu)可能范圍的重要線索。
圖5:Rt =7.4 min 峰NIST檢索結(jié)果表明該未知化合物在庫(kù)中不存在,最高得分僅為789
考慮到M+離子m/z 168和豐度最強(qiáng)的碎片m/z 125的質(zhì)量差為 43 Da,參考表 1 所列的常見碎片,43 Da碎片似乎有兩種可能,CH3CO (含氧)或CH3CH2CH2 (無氧)。CLIPS檢索中可使用的Ion series分析來測(cè)量和比較這兩種不同的可能性。
未知分子要失去一個(gè)CH3CO碎片,首先必須包含至少一個(gè)氧原子,這就只剩下CLIPS結(jié)果中第1名的分子式C11H20O+成為可能。通過將從M+離子m/z 168至碎片離子m/z 125這一段的MS譜圖作為一個(gè)整體進(jìn)行譜圖的擬合分析(見圖6),就可以從圖形擬合度上直接測(cè)量和評(píng)估整體的譜圖準(zhǔn)確度。在整體譜圖準(zhǔn)確度僅為97.0 %的情況下,M+ 的所有同位素都存在顯著而系統(tǒng)的譜圖漂移,丟失碎片CH3CO不太可能。此外,碎片離子m/z 125的“A +1”處可明顯觀察到理論譜圖的豐度要高于實(shí)際的校正譜圖,可能說明該理論譜圖的分子式中的碳原子個(gè)數(shù)超過了真實(shí)的碳數(shù),這表明丟失的43Da碎片是CH3CH2CH2 的可能性更大。圖7顯示了43 Da碎片丟失為CH3CH2CH2的譜圖擬合結(jié)果,整體的譜圖準(zhǔn)確度為98.1%,M+在m/z 168處沒有出現(xiàn)漂移,碎片離子m/z 125的“A+1”處也擬合完美,這清楚地表明CH3CH2CH2是正確的43 Da碎片丟失。
圖6:丟失CH3CO碎片情形下的校準(zhǔn)譜圖(紅色)和理論譜圖 (藍(lán)色)的擬合比較,譜圖準(zhǔn)確度為97.0%
圖7:丟失CH3CH2CH2碎片情形下的校準(zhǔn)譜圖(紅色)和理論譜圖 (藍(lán)色)的擬合比較,譜圖準(zhǔn)確度為98.1%
氧原子的問題
在確認(rèn)43Da碎片丟失為CH3CH2CH2后,CLIPS結(jié)果中的第1和第2個(gè)候選分子式,C11H20O+和C10H20N2+,都能產(chǎn)生該碎片,因此還是不能確定二者之中哪一個(gè)是正確的元素組成。在m/z 107 Da處的另一個(gè)較小碎片離子的存在可能有助于解決這個(gè)難題。該碎片與基峰m/z 125的質(zhì)量差為18 Da,它可能是m/z 125進(jìn)一步的碎片產(chǎn)物。根據(jù)表1中列出的常見片段,18 Da的丟失有一個(gè)明確的候選結(jié)果——H2O。圖8顯示了包含碎片CH3CH2CH2和額外的H2O丟失的整體譜圖擬合結(jié)果,包括在更寬的MS范圍(m/z 106~172)中,整體的譜圖準(zhǔn)確度為97.2%。譜圖準(zhǔn)確度偏低的主要是由于在這三個(gè)碎片離子之間還存在譜圖干擾,例如,m/z 109, 111和132這三個(gè)含量很低的碎片離子并未參與剛才的譜圖擬合建模,因而降低了整體的譜圖準(zhǔn)確度。m/z 109和111處離子的含量較低,猜測(cè)可能是由于丟失O和CH2,如圖9所示,驗(yàn)證了這一假設(shè),其譜圖準(zhǔn)確度提高到了97.6%。這就表明CLIPS結(jié)果中的排序第一的分子式——C11H20O,它是唯一可行的元素組成,其通過丟失一個(gè)氧原子來形成所觀察到的這些碎片離子。
圖8:同時(shí)分析丟失一個(gè)CH3CH2CH2和一個(gè)額外的H2O的情況,校準(zhǔn)譜圖(紅色) 和理論譜圖 (藍(lán)色)擬合的譜圖準(zhǔn)確度為97.2%
圖9:相較于圖8,將m/z 109和m/z 111也加入譜圖的擬合分析,校準(zhǔn)譜圖(紅色) 和理論譜圖 (藍(lán)色)擬合的譜圖準(zhǔn)確度提高至97.6%
其它的小碎片
使用相同的方法,可以通過CLIPS的Ion series來特征分析其他較小的碎片或碎片簇,并確定它們各自的元素組成。圖10顯示了從C3至C8一系列的碳?xì)渌槠姆治鼋Y(jié)果。將這些較小的碎片與之前分析過的較大碎片相結(jié)合,有助于拼湊出未知化合物的可能結(jié)構(gòu)。
圖10:當(dāng)使用CLIPS檢索分析m/z 55附近的離子簇時(shí),整體的譜圖準(zhǔn)確度達(dá)到了98.2%,以揭示出該處含有的可能的碳?xì)渌槠?,其他的離子簇也進(jìn)行了類似的分析,并給出了碎片的結(jié)果
ChemSpider檢索和可能的結(jié)構(gòu)
在NIST檢索結(jié)果中找不到合理的碎片離子匹配結(jié)果,而MassWorks軟件的CLIPS檢索結(jié)果已經(jīng)給出了分子離子和碎片離子的可能元素組成,我們借助ChemSpider數(shù)據(jù)庫(kù)對(duì)可能結(jié)構(gòu)進(jìn)行檢索(見圖11),該化合物的可能結(jié)構(gòu)很可能與ChemSpider檢索結(jié)果中的第二個(gè)結(jié)構(gòu)非常相似。正確的分子可能是包含一個(gè)通過連接到碳上的OH基團(tuán)的單個(gè)氧原子,位于碳?xì)滏湹闹虚g或接近末端,其余的碳?xì)滏湴疃?個(gè)碳(最大的碎片為m/z 107,如圖10所示)。
圖11:ChemSpider檢索到的可能的結(jié)構(gòu)
結(jié)論:
即使在NIST等標(biāo)準(zhǔn)譜庫(kù)中沒有收錄目標(biāo)化合物,通過將MassWorks軟件中的CLIPS Ion series分析和其他網(wǎng)絡(luò)搜索(如ChemSpider)相結(jié)合,也可以幫助拼湊出未知化合物的可能結(jié)構(gòu)類型,以供進(jìn)一步研究或考慮。需要注意的是,在EI硬電離的模式下,分子離子有可能被完全打碎,使得未知化合物的質(zhì)譜譜圖中沒有分子離子,這種情況下,為了更好地鑒定未知物,就需要考慮用軟電離的模式,如CI、FAB等電離方式,獲取分子離子。
關(guān)于MassWorks 軟件
MassWorks軟件是由 Cerno Bioscience 公司開發(fā)的一款革命性的MS數(shù)據(jù)定性分析軟件,能幫助我們?cè)诘头直媛实乃臉O桿GC/MS、LC/MS直接測(cè)定化合物的精確質(zhì)量,并通過獨(dú)有的譜圖準(zhǔn)確度概念確定出準(zhǔn)確的分子式。MassWorks軟件同樣適用于高分率質(zhì)譜(TOF、Orbitrap)的定性分析。
關(guān)于綠綿科技
綠綿科技是Cerno Bioscience公司在中國(guó)區(qū)的總代理商,負(fù)責(zé)Cerno公司旗下的MassWorks、GC/ID 等產(chǎn)品市場(chǎng)推廣、銷售、售前/售后技術(shù)支持、應(yīng)用支持。
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北京綠綿科技有限公司(簡(jiǎn)稱:綠綿科技)以體現(xiàn)客戶服務(wù)價(jià)值為宗旨,以專業(yè)精神和技能為廣大實(shí)驗(yàn)室分析工作者提供樣品前處理、樣品制備及分析、實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)精確分析和管理的全面解決方案,致力于協(xié)助客戶提高分析檢測(cè)的效率和水平。主要代理產(chǎn)品聯(lián)系電話:010-82676061/2/3/4/5/6/7/8
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